Menurut Perpres tersebut, UIII dikelola sebagai perguruan tinggi negeri badan hukum, dan pembinaannya dilakukan secara teknis akademis oleh kementerian yang menyelenggarakan urusan pemerintahan di bidang agama dan kementerian yang menyelenggarakan urusan pemerintahan di bidang Pendidikan Tinggi.

Sementara dalam mewujudkan perguruan tinggi yang berstandar internasional sebagaimana dimaksud dan dalam diplomasi luar negeri, difasilitasi oleh kementerian yang menyelenggarakan urusan pemerintahan di bidang hubungan luar negeri.

Perpres itu juga menegaskan, UIII mempunyai tugas utama menyelenggarakan program magister dan doktor bidang studi ilmu agama Islam.

Selain menyelenggarakan program pendidikan tinggi ilmu agama Islam sebagaimana dimaksud, menurut Perpres ini, UIII dapat menyelenggarakan program magister dan doktor bidang studi ilmu-ilmu sosial dan humaniora serta sains dan teknologi sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan.

Adapun pendanaan penyelenggaraan UIII, menurut Perpres ini, bersumber dari Anggaran Pendapatan dan Belanja Negara dan Non Anggaran Pendapatan dan Belanja Negara, dan dilaksanakan sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan di bidang Perguruan Tinggi Negeri Badan Hukum.

Ketentuan lebih lanjut mengenai penyelenggaraan dan pengelolaan UIII, menurut Perpres ini, diatur dengan peraturan menteri yang menyelenggarakan urusan pemerintahan di bidang Agama dan peraturan menteri lain/pimpinan lembaga pemerintah non kementerian yang terkait sesuai dengan kewenangannya.